CONQUITO nace en el Municipio del Distrito Metropolitano y se constituyó legalmente el 27 de octubre de 2003 por el Ministerio de Comercio Exterior, Industrialización, Pesca y Competitividad, con Acuerdo Ministerial Nº 03528. Fue creada para el cumplimiento del eje económico del Plan Equinoccio 21, cuya visión es "Quito como un territorio emprendedor, sustentable, nodo tecnológico y de servicios que potencia sus capacidades productivas, genera empleo y distribuye la riqueza con equidad en un entorno de seguridad jurídica".
Nace de la visión estratégica del Distrito Metropolitano de Quito como una capital productiva y competitiva, establecida en los planes de gobierno del Municipio de la ciudad: Plan Equinoccio Siglo 21 (al 2025) y Plan Bicentenario (2005-2009).
Los esfuerzos de la Agencia están fundamentalmente orientados hacia la Población Económicamente Activa (PEA) del Distrito (1'085.816 personas), empresas radicadas en Quito (especialmente MiPYMES), cesantes (72.750 personas) y el tejido empresarial y organizativo, lo que corresponde a una cobertura territorial de 422.802 hectáreas.